Zgodnie z art. 19 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. Nr 153, poz. 1269 ze zm.) organami wojewódzkiego sądu administracyjnego są: prezes, zgromadzenie ogólne sędziów wojewódzkiego sądu administracyjnego oraz kolegium sądu.
W skład zgromadzenia ogólnego wchodzą wszyscy sędziowie orzekający w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym w Gdańsku.
W skład Kolegium Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku wchodzą:
sędzia NSA Zdzisław Kostka,
sędzia NSA Zbigniew Romała,
sędzia NSA Jacek Hyla,
sędzia NSA Anna Orłowska-Marczulin,
sędzia WSA Tamara Dziełakowska,
sędzia NSA Joanna Zdzienicka-Wiśniewska,
sędzia NSA Elżbieta Rischka.
Prezesem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku jest sędzia NSA Zdzisław Kostka.
Prezesa Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku zastępują wiceprezesi sędzia NSA Zbigniew Romała i sędzia NSA Jacek Hyla